「2020年第三屆台灣運彩全國大專校院系際盃棒球爭霸賽全國總決賽」全國16強總決賽，經過2天8場次激烈比賽後，清大動機、世新新聞、雲科電機、嘉藥運管分別取勝，取得八強門票。
   
清大動機與台大土木之戰，前三局仍是平手狀態僵持不下，清大動機在四局下由童紹翔二壘安打發起打擊火力，單局攻下七分，以九比二提前五局擊敗去年八強台大土木；而這也是清大動機參加系際盃以來，首次闖入系際盃八強。
 

雲科電機與虎科飛機同為中區隊伍，兩隊曾於中區冠軍賽交手過，當時由雲科電機獲勝，16強則是再次交手，前三局雲科電機則以九比二遙遙領先，但虎科飛機仍未放棄一路追趕分數，兩隊力拼七局最後由雲科電機以十四比七獲得勝利，並拿下八強門票；雲科電機自參賽系際盃以來，連續三年皆闖進全國八強。

明新運管與真理運管之戰，明新運管投手楊益豪完投7局，被敲3支安打，失掉1分，率領明新運管前進全國8強；挑戰三連霸的海科運休對上成大環工，海科運休靠先發投手許家瑋以123球完投7局，失6分，驚險拿下關鍵勝利，取得8強最後一張門票。

明新運管楊益豪完投7局失1分，帶領球隊前進八強。

全國8強決戰三重棒球場
全國8強隊伍出爐，去年8強球隊僅有海科運休、明新運管、雲科電機等3隊晉級8強，其餘5隊則是首次闖入全國8強，系際盃最終爭霸，將於7月23日至26於新北市三重棒球場舉行，屆時將由FOX體育台全程轉播。

全國8強名單：
台北海洋科技大學海洋運動休閒系
國立臺灣師範大學地理學系
世新大學新聞學系
明新科技大學運動管理系
國立清華大學動力機械工程學系
國立雲林科技大學電機工程系
嘉南藥理大學運動管理系
高苑科技大學休閒運動管理系